使用指南
本页说明 AOPEDEX 的完整使用方法,包括配对查询、图谱操作、机制卡解读与数据导出。
网站提供什么
输入一个物种和一个化合物,网站返回该配对的内分泌干扰通路图谱、五项模型预测和关键预测归因。三类结果共用同一套机制网络,每条预测都能回查到受体、事件与 AOP-Wiki 关系来源。
当前面板覆盖 756 个物种与 5,387 个化合物,目录外的条目无法查询。完整目录可在首页「数据下载」区获取。
快速开始
- 打开检索页(顶栏「进入检索」),在左侧导航选择「案例」。页面已预填默认配对大熊猫 × 双酚 A。
- 把两个输入框替换为需要的物种与化合物,点击「查询」。
- 机制卡加载完成后,案例栏显示该配对的完整机制卡,画布切换到对应的内分泌干扰通路,归因筛出的节点以浅荷粉色高亮。
首次访问需要加载图谱数据,等顶栏「AOP 数据」显示已连接后再查询。
输入格式与匹配规则
- 物种框接受拉丁学名(Ailuropoda melanoleuca)或物种 ID(S 开头,如 S0316),不支持中文名检索。
- 化合物框接受中文或英文名称(双酚 A / Bisphenol A)、CAS 号(含连字符,如 80-05-7)、DTXSID 或化合物 ID(C 开头)。
匹配以目录条目为准,同义词、缩写与商品名不一定收录,拼写差一点都可能查不到结果。遇到这种情况,打开查询指引复制标准名称再试。
查询指引
- 点击案例栏的「查询指引」展开可检索目录,再次点击收起。
- 目录分物种与化合物两部分。物种条目列出标准名称、ID、所属纲与预测状态,化合物条目列出标准名称、ID、CAS 与 DTXSID。
- 在目录搜索框输入关键词过滤。物种按学名、纲或预测状态过滤,化合物按名称、CAS 或 DTXSID 过滤。
- 点击条目后,标准名称自动复制并填入对应输入框,两个输入框都有值后即可查询。
- 机制卡加载时查询指引自动收起。
- 两个目录的完整文件在首页「数据下载」区提供 CSV 与 Excel 两种格式,可离线检索。
图谱操作
视角
- 在空白处按住拖拽可以旋转视角,用于绕开遮挡、看清通路走向。
- 按住 Shift 拖拽或按住右键拖拽可以平移画布。
- 滚轮以光标位置为中心缩放,当前比例显示在顶栏左侧。
- 按 R 或点击顶栏「重置视角」回到初始机位。
- 触屏设备上,单指拖动空白处旋转画布,双指捏合缩放,双指同向拖动平移,点按节点打开详情卡。
节点
- 单击节点打开详情卡,其中列出生物学信息、事件层级(MIE / KE / AO)、CORE12 注册入口、官方 AOP 归属以及直接上下游事件。
- 双击节点或在详情卡中点「聚焦」,视图会以该节点为中心重排,便于追踪某一事件的局部上下文。
- 拖拽节点可以调整布局位置,详情卡中的「复位位置」可将其还原。
- 按 Esc 或点击「关闭」收起详情卡。
关系
- 单击连线可以查看该 KER 的关系 ID、上游与下游事件、来源记录与核对状态。
- 箭头从上游事件指向下游事件。图谱中所有有向关系都来自 AOP-Wiki 官方 KER 并逐条核对,不包含自动生成的连线。
图例与着色
- 右下角图例区分 MIE(分子起始事件)与 KE / AO(关键事件 / 有害结局)两类节点。
- 普通节点为青绿色,关键预测归因节点为浅荷粉色并带金色外框。高亮成员可以由多个不相邻的片段组成,读图时不要把它当作一条连续路径。
筛选面板(左侧导航)
- 「通道」面板按 12 个 CORE12 受体机制通道过滤网络(如 ER、AR、GR、MR、PPAR、PXR、CAR、AhR、THR、RAR、CYP19A1),适合只看某一受体系统的通路。
- 「AOP 链」面板按编号、标题或机制入口检索官方 AOP,勾选多条时取并集,适合对照官方 AOP 文档读图。
- 清除通道与 AOP 链的全部筛选后,网络恢复完整。
其他
- 按 P 切换论文白底,用于截图。
- 右下角的「操作指引」在鼠标悬停时展开速查,移开后收起。
- 顶栏依次提供缩放比例、AOP 数据连接状态、重置视角、导出 Excel 与导出 JSON。
机制卡内容
配对信息
机制卡开头列出物种与化合物名称、配对 ID、物种 ID 与化合物 ID。这些编号与目录一一对应,用于在导出文件中定位记录。
模型输出
模型输出五项连续预测,分别是 ER 激动、ER 拮抗、AR 激动、AR 拮抗与 H295R 类固醇生成。前四项刻画化合物对雌激素受体与雄激素受体的激动或拮抗活性,第五项来自 H295R 细胞模型,反映类固醇激素合成的变化。预测值用于比较不同配对之间的相对强弱。
- 每项预测附标准差,来自五个独立训练种子,标准差越小预测越稳定。
- 每个物种带三档预测状态之一:高置信(high-confidence)、可预测(predictable)与不可预测(unpredictable)。标记为不可预测的物种缺少足够的受体序列与近亲代理证据,模型不输出定量预测,但通路图谱仍可查看。
关键预测归因
归因的做法是固定当前物种 × 化合物配对,对单个节点、关系或受体做干预,比较干预前后的预测差,记为 Δ = 基线预测 − 干预预测。Δ 为正说明去掉该对象后预测下降,即它对原预测是正贡献;|Δ| 越大,影响越大。
- 每条归因记录列出干预类型、干预对象、平均 Δ、平均 |Δ|、归一化贡献、稳定种子数与方向一致性。归一化贡献是该对象在全部归因中的相对占比,稳定种子数记录它在五个种子中入选的次数,方向一致性反映各种子间 Δ 方向的一致程度。
- 只有通过五种子稳定性筛选的干预对象才会在图谱中高亮。
机制路线与详情
- 机制路线标注该配对的通路许可、归因许可与归因锚点状态,说明预测走到了机制链的哪一层。
- 点击「展开输出、归因与路线详情」可查看逐项数值、来源与原始字段,包括关系版本、冻结日期与历史来源版本。
数据导出
- 查询完成后,顶栏的「导出 Excel」与「JSON」导出当前机制卡的全部内容,包括配对信息、五项输出与标准差、全部归因条目以及机制路线与来源字段。Excel 适合直接阅读,JSON 适合程序处理。
- 物种与化合物目录在首页「数据下载」区提供 CSV 与 Excel 两种格式。
- 网页只支持单次导出当前机制卡。需要批量数据时,发邮件至页脚邮箱并写明用途与所需范围。
数据范围与版本
- 当前面板包含 756 个物种,其中 714 个可形成预测,化合物 5,387 个。
- 图谱关系全部来自 AOP-Wiki 官方 KER,逐条核对后冻结,不按共属 AOP 或受体相似性自动连线。
- 每条预测都可以沿机制卡回查受体、事件与关系来源。网站展示的是面板内物种的冻结预测,面板外物种由研究人员验证后纳入。
- 当前数据版本为 v5 / R2,第三方来源保留各自的原始版本与记录编号。
常见问题
查不到配对?
先检查写法。物种用拉丁学名,化合物用 CAS 号,这两种写法最不容易出错;也可以打开查询指引搜索并复制标准名称。仍然查不到,说明该物种或化合物不在当前目录内(756 个物种、5,387 个化合物)。
为什么显示「不可预测」?
该物种缺少足够的受体序列与近亲代理证据,模型无法给出可靠的定量预测,因此只展示机制通路,不输出数值。
图谱加载慢或空白?
首次访问需要加载图谱数据,等顶栏「AOP 数据」显示已连接后再查询;长时间空白时刷新页面即可。
归因记录数为什么比配对数多?
归因按「配对 × 输出 × 干预对象」逐条计数。一个配对有五项输出,每项输出又对应多个干预对象,所以一个配对会对应多条归因记录。
导出的 Excel 包含什么?
当前机制卡的全部字段,包括配对信息、五项输出与标准差、归因条目、机制路线与来源字段。每次导出对应当前查询的这一个配对。
图谱中的关系来自哪里?
全部来自 AOP-Wiki 官方 KER,逐条核对来源后冻结;不按共属 AOP、同受体或名称相近自动生成连线。
如何引用 AOPEDEX?
见「声明与引用」页的推荐引用格式。